肿瘤学科是医院的龙头学科，是广东省中医药局重点专科。2013年南方医院肿瘤团队成功植入中十大菠菜导航医院，成立了十大菠菜导航中十大菠菜导航肿瘤中心。中心按照专病专科的原则，分别设有胸部肿瘤病区、胃肠肿瘤病区、肝胆胰肿瘤病区、乳腺及泌尿肿瘤病区、妇瘤及头颈肿瘤病区共五个亚专科。

2013年8月，于金明院士、陈可冀院士 、余艳红校长（现任国家中医药管理局党组书记）、徐庆锋局长等领导和嘉宾为十大菠菜导航中十大菠菜导航肿瘤中心揭牌

中心坚持以西医为基础，中医为特色，中十大菠菜导航为优势，优势互补的治疗理念。遵循以循证医学指导下的规范化治疗，精准医学指导下的个体化治疗的原则，系统开展肿瘤化疗、放疗、免疫治疗、分子靶向治疗等多种治疗手段，强调全身治疗与局部治疗结合的原则，积极开展肿瘤射频消融治疗、微波热疗、热灌注治疗、光动力治疗、放射性粒子植入等多种微创治疗，并开展多种具有学科特色的中医诊疗技术如穴位敷贴、艾灸、中药熏洗、中医定向透药、耳穴压豆等，通过中十大菠菜导航的方式达到减毒增效的作用。

经过几年的建设，中心已形成一支老中青搭档、结构层次合理、富有朝气的学术和医疗技术队伍。中心拥有客座教授8名（其中院士5名）， 教授/主任医师11名，副教授/副主任医师16名，研究员2名，主治医师31名，博士18名，硕士33名，留学归国人员8名。近年来，我科承担国家级、省级以上科研项目20多项，发表与肿瘤分子生物学基础研究和临床治疗相关的SCI收录文章60余篇，主编肿瘤学专著6部。